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肺脓肿病因为各种化脓性细菌、分枝杆菌、真菌或寄生虫感染,最常见病原菌为厌氧菌(anaerobe),如消化链球菌、梭形杆菌、产黑色素杆菌、脆弱类杆菌、紫质单胞菌等;其次为多种革兰阴性菌和革兰阳性菌,如大肠埃希菌、克雷白杆菌、阴沟肠杆菌、弗劳地枸橼酸杆菌、洛菲不动杆菌、流感嗜血杆菌、副流感嗜血杆菌、军团菌、金黄色葡萄球菌、链球菌、粪肠球菌,少见细菌有铜绿假单胞菌、肺炎链球菌等;此外,在糖尿病患者和免疫功能抑制者某些真菌感染可引起空洞,如奴卡菌、放线菌;寄生虫如溶组织阿米巴原虫,为一种重要的、但并不常见的肺脓肿病原菌,主要引起下叶基底部位的脓肿;分枝杆菌如结核分枝杆菌、鸟分枝杆菌及细胞内分枝杆菌等亦可引起肺脓肿.在院外获得的肺脓肿中,厌氧菌感染占60%~85%,且多为几种厌氧菌混合感染.新近的研究显示,在分离的厌氧菌中,10%~15%的脆弱类杆菌、60%的非脆弱类杆菌以及40%的梭形杆菌可产生β内酰胺酶,因此耐青霉素的厌氧菌感染已成为一个不容忽视的问题.院内获得性肺脓肿中,常为革兰阴性杆菌及阳性球菌混合感染.
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