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40%~50%的非淋菌性尿道炎由沙眼衣原体引起.衣原体为介于细菌与病毒之间的细胞内寄生微生物,直径250~500nm,用显微免疫荧光测定法已测知衣原体至少有15种血清型,其中8型(D、E、F、G、H、1、J、K)已证实与尿道炎有关.衣原体不耐热,在室温中迅速丧失传染性,50℃30分钟即可将其杀死.30%的非淋菌性尿道炎由尿素分解支原体所引起,尿素分解支原体呈极微小的球杆状,直径仅为200nm,常寄生于人的尿道上皮,具有将尿素分解为氨的性能.能在细胞外独立生活,对外界环境抵抗力弱.45℃15分钟即可被杀死.10%~20%非淋菌性尿道炎可由其它病原体所引起.如滴虫、白色念珠菌、疱疹病毒、大肠杆菌、链球菌、金葡菌、人乳头瘤病毒、酵母菌、厌氧革兰氏阴性杆菌等.
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