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虹膜异色症的出现,可以分成先天和后天两方面.先天方面,主要是两眼虹膜颜色不同的情况,有可能於遗传有关.由于眼睛虹膜的颜色受遗传影响,假若后代的父母其中一位有蓝眼睛,而另一位则有灰色眼睛的话,那两位的后代有可能有一对蓝色的眼睛、或一对灰色的眼睛,但亦有可能一边眼的虹膜是蓝色,而另一边却是灰色的.这可能与瓦登伯革氏症候群(Waardenburg Syndrome)或Piebald Syndrome相关.后天的情况有可能是因为患上Horner Syndrome或虹膜毛样体炎,使虹膜造成损伤而萎缩.
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